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2016年11月8日，證監會和財政部共同公布了《關于修改〈期貨投資者保障基金管理暫行辦法〉的決定》（主席令129號），該規定自公布之日起30日后施行。
此次修訂旨在更好的建立健全期貨投資者保護的長效機制，降低市場運行成本。針對已經不適應市場發展的規定作出如下修訂：
一、刪除關于保障基金規模具體標準的規定，將保障基金總額足以覆蓋市場風險設定為暫停繳納的情形之一；
二、對保障基金的繳納比例僅作原則性規定，通過與財政部聯合發布配套通知的方式，明確下調期貨交易所和期貨公司的繳納比例，即期貨交易所的繳納比例由手續費的百分之三降低為百分之二，期貨公司的繳納比例由代理交易額的千萬分之五到十降低為億分之五到十；
三、保障基金的繳納方式由按季度繳納調整為按年度繳納。
附具體修改內容：
一、標題中刪去“暫行”，修改為“期貨投資者保障基金管理辦法”。
二、將第四條修改為“保障基金按照取之于市場、用之于市場的原則籌集。保障基金的規模應當與期貨市場的發展狀況、市場風險水平相適應。”
三、將第九條第二款第（一）項修改為“期貨交易所按其向期貨公司會員收取的交易手續費的一定比例繳納”，第（二）項修改為“期貨公司從其收取的交易手續費中按照代理交易額的一定比例繳納”。同時新增一款，作為第三款“保障基金的后續資金繳納比例，由中國證監會和財政部確定，并可根據期貨市場發展狀況、市場風險水平等情況進行調整。”
四、將第十條修改為“期貨交易所、期貨公司應當按年度繳納保障基金。期貨交易所應當在每年度結束后30 個工作日內，繳納前一年度應當繳納的保障基金，并按照中國證監會和財政部確定的比例代扣代繳期貨公司應當繳納的保障基金。”
五、將第十一條修改為“有下列情形之一的，經中國證監會、財政部批準，期貨交易所、期貨公司可以暫停繳納保障基金：（一）保障基金總額足以覆蓋市場風險；（二）期貨交易所、期貨公司遭受重大突發市場風險或者不可抗力。當前款情形消除后，經中國證監會、財政部批準，應當恢
復繳納。”
六、增加一條為第十二條“對于新設立的期貨公司，應當自產生經紀業務收入后納入保障基金繳納范圍；公司停止經營的，應當告知期貨交易所，對其當年應繳納的保障基金份額進行扣繳。”
七、將第二十五條改為第二十六條修改為“期貨公司因嚴重違法違規或者風險控制不力等導致保證金出現缺口的，中國證監會根據《期貨交易管理條例》第六十六條、第六十七條進行處罰，吊銷期貨業務許可證。涉嫌犯罪的，依法移送司法機關。”
八、將第二十六條改為第二十七條修改為“期貨交易所、期貨公司違反本辦法規定，延期繳納或者拒不繳納保障基金以及不按規定保存、報送有關信息和資料的，中國證監會根據《期貨交易管理條例》第六十四條、第六十六條進行處罰。”